阜阳市医药科技工程学校始建于1964年，先后开办过安徽省旧县农技校、太和五七干校、太和五七大学、太和师范、太和旧县高中、太和农中、太和县第一职业高级中学，2015年6月被阜阳市人民政府批准改制为公办全日制普通中专学校。1995年学校被国家教委评估认定为省级重点职业高中，2005年被评为首批省级示范中等职业学校，2008年通过省级示范复评。学校系安徽省重点建设示范特色中职学校、首批B类办学水平学校。

近年来，太和县委县政府高度重视学校发展，投入9.83亿建设学校新校区，把支持学校申报安徽省中等专业学校A类办学水平学校写入2024年政府工作报告，成立了由县委书记和县长任组长的太和县申A工作领导小组。学校始终坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，积极对接县域支柱产业，围绕“学校创品牌，教师养品味，学生修品能”的办学目标，以“品能教育”为依托，深化产教融合、校企合作，科学调整专业设置，目前学校开设中药制药等17个中专专业和3个3+2专业，有2个省级示范实习实训基地、2个省级示范专业、1个省级名师工作坊、7个省创新发展试验区建设项目；现代医药行业产教融合共同体项目获安徽省教育厅立项建设。多年来，为国家培养综合技术技能人才3万多人，涌现出副县级镇党委书记付斌、南京农业大学博士桑永明、安徽鲲鹏工程机械有限公司法人陈林等一大批优秀人才。

学校先后被评为“全国零犯罪学校”、“全国国防教育特色学校”、“安徽省文明单位”、“安徽省书法教育示范校”、“阜阳市平安校园”、“阜阳市职业教育先进单位”等。中国网、安徽新闻网、安徽教育网、阜阳电视台等媒体对学校办学特色进行了多次报道。